引物設(shè)計(jì)軟件（Primer design software）下載，是一款行業(yè)軟件軟件！引物設(shè)計(jì)軟件是一款由加拿大的Premier公司開發(fā)的專業(yè)用于PCR或測(cè)序引物以及雜交探針的設(shè)計(jì)，評(píng)估的軟件，其主要界面是分為序列編輯窗口（Genetank），引物設(shè)計(jì)窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和紋基分析窗口（Motif）。 ​7dZ紅軟基地

軟件功能

“Premier”的主要功能分四大塊，其中有三種功能比較常用，即引物設(shè)計(jì)、限制性內(nèi)切酶位點(diǎn)分析和DNA 基元(motif)查找。“Premier”還具有同源性分析功能，但并非其特長(zhǎng)，在此略過。此外，該軟件還有一些特殊功能，其中最重要的是設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物，另外還有序列“朗讀”、DNA 與蛋白序列的互換、語音提示鍵盤輸入等等。7dZ紅軟基地
有時(shí)需要根據(jù)一段氨基酸序列反推到DNA 來設(shè)計(jì)引物，由于大多數(shù)氨基酸（20 種常見結(jié)構(gòu)氨基酸中的18 種）的遺傳密碼不只一種，因此，由氨基酸序列反推DNA 序列時(shí)，會(huì)遇到部分堿基的不確定性。這樣設(shè)計(jì)并合成的引物實(shí)際上是多個(gè)序列的混和物，它們的序列組成大部分相同，但在某些位點(diǎn)有所變化，稱之為簡(jiǎn)并引物。遺傳密碼規(guī)則因物種或細(xì)胞亞結(jié)構(gòu)的不同而異，比如在線粒體內(nèi)的遺傳密碼與細(xì)胞核是不一樣的。“Premier”可以針對(duì)模板DNA 的來源以相應(yīng)的遺傳密碼規(guī)則轉(zhuǎn)換DNA 和氨基酸序列。軟件共給出八種生物亞結(jié)構(gòu)的不同遺傳密碼規(guī)則供用戶選擇，有纖毛蟲大核（Ciliate Macronuclear）、無脊椎動(dòng)物線粒體（Invertebrate Mitochondrion）、支原體（Mycoplasma）、植物線粒體（Plant Mitochondrion）、原生動(dòng)物線粒體（Protozoan Mitochondrion）、一般標(biāo)準(zhǔn)（Standard）、脊椎動(dòng)物線粒體（Vertebrate Mitochondrion）和酵母線粒體（Yeast Mitochondrion）。7dZ紅軟基地

軟件特色

引物設(shè)計(jì)軟件是一款由加拿大的Premier公司開發(fā)的專業(yè)用于PCR或測(cè)序引物以及雜交探針的設(shè)計(jì)，評(píng)估的軟件，其主要界面是分為序列編輯窗口（Genetank），引物設(shè)計(jì)窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和紋基分析窗口（Motif）。7dZ紅軟基地

軟件說明

其主要功能在主界面上一目了然。限制性酶切點(diǎn)分析及基元查找功能比較簡(jiǎn)單，點(diǎn)擊該功能按鈕后，選擇相應(yīng)的限制性內(nèi)切酶或基元（如-10 序列，-35 序列等），按確定即可。常見的限制性內(nèi)切酶和基元一般都可以找到。你還可以編輯或者添加新限制性內(nèi)切酶或基元。7dZ紅軟基地
進(jìn)行引物設(shè)計(jì)時(shí)，打開DNA序列后點(diǎn)擊按鈕primer，出現(xiàn)“search criteria”窗口，有多種參數(shù)可以調(diào)整。搜索目的（Seach For）有三種選項(xiàng)，PCR 引物（PCR Primers），測(cè)序引物（Sequencing Primers），雜交探針（Hybridization Probes）。搜索類型(Search Type)可選擇分別或同時(shí)查找上、下游引物（Sense/Anti-sense Primer，或Both），或者成對(duì)查找（Pairs），或者分別以適合上、下游引物為主（Compatible with Sense/Anti-sense Primer）。另外還可改變選擇區(qū)域（Search Ranges），引物長(zhǎng)度（Primer Length），選擇方式（Search Mode），參數(shù)選擇（Search Parameters）等等。使用者可根據(jù)自己的需要設(shè)定各項(xiàng)參數(shù)。如果沒有特殊要求，建議使用默認(rèn)設(shè)置。然后按search，隨之出現(xiàn)的Search Progress 窗口中顯示Search Completed 時(shí)，再按OK，這時(shí)搜索結(jié)果以表格的形式出現(xiàn)，有三種顯示方式，上游引物（Sense），下游引物(Anti-sense)，成對(duì)顯示(Pairs)。默認(rèn)顯示為成對(duì)方式，并按優(yōu)劣次序（Rating）排列，滿分為100，即各指標(biāo)基本都能達(dá)標(biāo)。7dZ紅軟基地
點(diǎn)擊其中一對(duì)引物，如第1#引物，并把上述窗口挪開或退出，顯示“Peimer Premier”主窗口， 所得結(jié)果分三部分，最上面是圖示PCR 模板及產(chǎn)物位置，中間是所選的上下游引物的一些性質(zhì)，最下面是四種重要指標(biāo)的分析，包括發(fā)夾結(jié)構(gòu)（Hairpin），二聚體（Dimer），錯(cuò)誤引發(fā)情況（False Priming），及上下游引物之間二聚體形成情況（Cross Dimer）。當(dāng)所分析的引物有這四種結(jié)構(gòu)的形成可能時(shí)，按鈕由變成，點(diǎn)擊該按鈕，在左下角的窗口中就會(huì)出現(xiàn)該結(jié)構(gòu)的形成情況。一對(duì)理想的引物應(yīng)當(dāng)不存在任何一種上述結(jié)構(gòu)，因此最好的情況是最下面的分析欄沒有，只有。值得注意的是中間一欄的末尾給出該引物的最佳退火溫度，可參考應(yīng)用。7dZ紅軟基地
在需要對(duì)引物進(jìn)行修飾編輯時(shí)，如在5’端加入酶切位點(diǎn)，可點(diǎn)擊，然后修改引物序列。若要回到搜索結(jié)果中，則點(diǎn)擊按鈕。如果要設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物，只需根據(jù)源氨基酸序列的物種來源選擇前述的八種遺傳密碼規(guī)則，反推至DNA 序列即可。對(duì)簡(jiǎn)并引物的分析不需像一般引物那樣嚴(yán)格�？傊�，“Premier”有優(yōu)秀的引物自動(dòng)搜索功能，同時(shí)可進(jìn)行部分指標(biāo)的分析，而且容易使用，是一個(gè)相當(dāng)不錯(cuò)的軟件。7dZ紅軟基地

軟件截圖

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