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Cartes分子和晶體結(jié)構(gòu)坐標編輯器下載,象Chem3D這樣專業(yè)的軟件目前尚沒有自動識別點群的功能,而GaussView的3.07以來的版本已經(jīng)增加了此項功能,但是其準確程度令人擔憂。似乎GaussView傾向于低估分子的對稱性,例如它往往無法判斷出高于6重軸的對稱性,如碳管(7,7),GaussView給出的點群是C2h,而實際是D7d;又比如碳管(5,5),它認為其點群是C5,而實際是D5d。
(1)晶體的分數(shù)坐標轉(zhuǎn)化成直角坐標。
(2)晶體的直角坐標轉(zhuǎn)化成分數(shù)坐標。
(3)生成向a,b,c三個方向堆積i,j,k個晶胞的全部分數(shù)坐標或直角坐標。
(4)生成按照給定對稱性關(guān)系得出的所有相關(guān)原子的分數(shù)坐標或直角坐標。
(5)按照指定需要任意平移、旋轉(zhuǎn)、反映或反演當前的坐標。
(6)將一組坐標的中心平移到原點。
(7)判斷分子的點群。
自動識別點群:象Chem3D這樣專業(yè)的軟件目前尚沒有自動識別點群的功能,而GaussView的3.07以來的版本已經(jīng)增加了此項功能,但是其準確程度令人擔憂。似乎GaussView傾向于低估分子的對稱性,例如它往往無法判斷出高于6重軸的對稱性,如碳管(7,7),GaussView給出的點群是C2h,而實際是D7d;又比如碳管(5,5),它認為其點群是C5,而實際是D5d。
可見自己動手寫一個自動識別點群的程序是很具有挑戰(zhàn)性的,于是我就寫了這樣的程序,現(xiàn)在正好把它集成到Cartes軟件里來了。
關(guān)于對Cartes-分子和晶體結(jié)構(gòu)坐標編輯器稱操作的使用
當選擇“對稱操作”后,會彈出一個輸入對稱性操作矩陣的面板,對稱性操作矩陣的格式和意義如下:
每一個對稱性相關(guān)矩陣必須以%(表示該對稱性相關(guān)矩陣對分數(shù)坐標進行操作,其平移量采用分數(shù)坐標的單位)或#(表示該
對稱性相關(guān)矩陣對直角坐標進行操作,其平移量采用以埃為單位)開頭,換行或空格后,就輸入對稱性相關(guān)矩陣,格式為:
p11 p12 p13 t1
p21 p22 p23 t2
p31 p32 p33 t3
其中t1,t2,t3的單位由標識符‘%’和‘#’指明(含義見上),對于同一個輸入文件‘%’和‘#’可以混合使用。