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序列拼接工具cap3-windows版

軟件類型:
國產(chǎn)軟件
軟件語言:
簡體中文
軟件大。
1 MB
軟件授權(quán):
免費軟件
軟件評級:
4
更新時間:
2017-05-12
應(yīng)用平臺:
WinXP, Win7, WinAll
軟件簡介

序列拼接工具cap3-windows版,is for small-scale assembly of EST sequences with or without quality values.用于少量的序列拼接。LbU紅軟基地

軟件特點

利用正反向進(jìn)行拼接,更正拼接錯誤、連接 contigs。LbU紅軟基地
應(yīng)用 reads 的質(zhì)量信息。LbU紅軟基地
自動截去 reads5`端、3`端的低質(zhì)量區(qū)。LbU紅軟基地
產(chǎn)生 Consed 程序可讀的 ace 格式。LbU紅軟基地
?CAP3 能用于 Staden 軟件包的中的 GAP4 軟件。LbU紅軟基地

使用說明

程序運行命令行:LbU紅軟基地
cap3 File_of_reads [options]LbU紅軟基地
如: cap3 seq.faLbU紅軟基地
輸入 序 列 是 普 通 的 FASTA 格 式 的核酸序列, 如 果 序 列 文 件 名 為 “ xyz ” , 則 質(zhì) 量 文 件 應(yīng) 命 名 為“xyz.qual”,約束文件應(yīng)命名為“xyz.con”。在命令行中只需輸入序列文件,程序會自動在相應(yīng)的目錄中尋找相應(yīng)的質(zhì)量文件和約束文件。LbU紅軟基地
一般質(zhì)量文件和約束文件不對于CAP3來時說不是必須的,也就是當(dāng)這兩個文件不存在的時候程序按照設(shè)定的默認(rèn)值來處理。LbU紅軟基地

軟件截圖

序列拼接工具cap3-windows版LbU紅軟基地

軟件下載地址
序列拼接工具cap3-windows版
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