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序列拼接工具cap3-windows版,is for small-scale assembly of EST sequences with or without quality values.用于少量的序列拼接。
利用正反向進(jìn)行拼接,更正拼接錯誤、連接 contigs。
應(yīng)用 reads 的質(zhì)量信息。
自動截去 reads5`端、3`端的低質(zhì)量區(qū)。
產(chǎn)生 Consed 程序可讀的 ace 格式。
?CAP3 能用于 Staden 軟件包的中的 GAP4 軟件。
程序運行命令行:
cap3 File_of_reads [options]
如: cap3 seq.fa
輸入 序 列 是 普 通 的 FASTA 格 式 的核酸序列, 如 果 序 列 文 件 名 為 “ xyz ” , 則 質(zhì) 量 文 件 應(yīng) 命 名 為“xyz.qual”,約束文件應(yīng)命名為“xyz.con”。在命令行中只需輸入序列文件,程序會自動在相應(yīng)的目錄中尋找相應(yīng)的質(zhì)量文件和約束文件。
一般質(zhì)量文件和約束文件不對于CAP3來時說不是必須的,也就是當(dāng)這兩個文件不存在的時候程序按照設(shè)定的默認(rèn)值來處理。