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VIZARD(分析和顯示Affymetrix基因芯片數(shù)據(jù))是一款教育教學軟件!VIZARD(分析和顯示Affymetrix基因芯片數(shù)據(jù)),基因芯片技術的特點是使用寡聚核苷酸探針檢測基因。前一節(jié)使用ReadAffy函數(shù)讀取CEL文件獲得的數(shù)據(jù)是探針水平的(probe level),即雜交信號,而芯片數(shù)據(jù)預處理的目的是將雜交信號轉(zhuǎn)成表達數(shù)據(jù)(即表達水平數(shù)據(jù),expression level data)。存儲探針水平數(shù)據(jù)的是AffyBatch類對象,而表達水平數(shù)據(jù)為ExpressionSet類對象。
TAIR,NASCarray 和 EBI 都有一些公開的免費芯片數(shù)據(jù)可以下載。本專題使用的數(shù)據(jù)(Exp350)來自NASCarray,也可以用FTP直接下載。下載其中的CEL文件即可(.CEL.gz),下載后解壓縮到同一文件夾內(nèi)。該實驗有1個對照和3個處理,各有2個重復,共8張芯片(8個CEL文件)。
為什么要進行芯片質(zhì)量分析?不是每個人做了實驗都會得到高質(zhì)量的數(shù)據(jù),花了錢不一定就有回報,這道理大家都懂。
芯片實驗有可能失敗,失敗的原因可能是技術上的(包括片子本身的質(zhì)量),也可能是實驗設計方面的。芯片質(zhì)量分析主要檢測前者。
體積小,但功能強大。界面非常清爽,簡單易操作。
基因(遺傳因子、遺傳基因)指攜帶有遺傳信息的DNA序列,是控制性狀的基本遺傳單位,亦即一段具有功能性的DNA序列;蛲ㄟ^指導蛋白質(zhì)的合成來表達自己所攜帶的遺傳信息,從而控制生物個體的性狀表現(xiàn)。人類約有兩萬至兩萬五千個基因。染色體在體細胞中是成對存在的,每條染色體上都帶有一定數(shù)量的基因。一個基因在細胞有絲分裂時有兩個對列的位點,稱為等位基因,分別來自父與母輩。按照其控制的性狀,又可分為顯性基因和隱性基因。一般來說,生物體中的每個細胞都含有相同的基因,但并不是每個細胞中的每個基因所攜帶的遺傳信息都會被表達出來。不同部位和功能的細胞,能將遺傳信息表達出來的基因也不同。