QDMR
- 軟件類型：
- 國產(chǎn)軟件
- 軟件語言：
- 英文
- 軟件大小：
- 1 MB
- 軟件授權(quán)：
- 免費軟件
- 軟件評級：
- 4
- 更新時間：
- 2017-05-22
- 應(yīng)用平臺：
- WinXP, Win7, WinAll
QDMR，這實際上是短期的定量差異甲基化區(qū)域(Methylated )建設(shè)成為一個定量的方法來量化的甲基化差異。
軟件介紹
QDMR面向?qū)嶒炇矣脩艉蜕镄畔W(xué)研究者，分析高通量實驗測定的各物種全基因組DNA甲基化數(shù)據(jù)，用于篩選各種生命狀態(tài)（如發(fā)育過程、各種復(fù)雜疾病）之間的差異甲基化區(qū)域，并對其予以圖形化展示。
軟件特點
該軟件能夠處理來自于三大芯片公司Affy， Illumina和NimbleGen的全基因組甲基化芯片數(shù)據(jù)。同時軟件系統(tǒng)可以將用戶感興趣的基因組區(qū)域在全基因組注釋數(shù)據(jù)庫EUCSC上進行全基因組的注釋，且能夠?qū)Σ町惣谆瘏^(qū)域相關(guān)的基因進行GO和KEGG功能注釋。用戶可以通過系統(tǒng)保存所有的差異甲基化區(qū)域、非甲基化區(qū)域及其功能注釋等信息。還可以輸出感興趣的差異甲基化區(qū)域的圖形。基于香農(nóng)信息熵的算法可以在不同癌癥樣本間及癌癥與正常組織間進行篩選和定量化差異甲基化區(qū)域。通過對當前的信息熵算法進行優(yōu)化后，使之能夠應(yīng)用到甲基化差異的定量化研究中。該軟件已經(jīng)用于識別組織間差異甲基化區(qū)域，發(fā)現(xiàn)了一些新的功能性差異甲基化區(qū)域，同時該方法降低了假陽性率。在此基礎(chǔ)上通過確定篩選癌癥差異甲基化區(qū)域的閾值，從全基因組水平篩選癌癥樣本與正常樣本間的差異甲基化區(qū)域，探討癌癥的發(fā)生機制，以及從不同癌癥間篩差異甲基化區(qū)域，以揭示癌癥的異質(zhì)性。
相關(guān)介紹
甲基化是指從活性甲基化合物(如S-腺苷基甲硫氨酸)上將甲基催化轉(zhuǎn)移到其他化合物的過程�？尚纬筛鞣N甲基化合物，或是對某些蛋白質(zhì)或核酸等進行化學(xué)修飾形成甲基化產(chǎn)物。在生物系統(tǒng)內(nèi)，甲基化是經(jīng)酶催化的，這種甲基化涉及重金屬修飾、基因表達的調(diào)控、蛋白質(zhì)功能的調(diào)節(jié)以及核糖核酸(RNA)加工。
軟件截圖
